You need to add it to inc/params.inc.php file, for example if the script is in /plugins/some_script.js then it should look like this:
//--- Add default JS ---//
$oSysTemplate->addJsSystem(array(
'jquery.js',
'jquery-migrate.min.js',
'jquery.jfeed.js',
'jquery.embedly.min.js',
'jquery.ui.core.min.js',
'jquery.ui.widget.min.js',
'jquery.ui.position.min.js',
'jquery.ui.tabs.min.js',
'functions.js',
'jquery.dolRSSFeed.js',
'jquery.float_info.js',
'jquery.webForms.js',
'jquery.form.min.js',
'jquery.dolEmbedly.js',
'jquery.dolPopup.js',
'jquery.dolRetina.js',
'common_anim.js',
'join.js',
'login.js',
'BxDolVoting.js',
'user_status.js',
'jquery.cookie.min.js',
'some_script.js',
));